包河区以原郊区为主。1951年1月合肥市设两个郊区，11月合并为城郊区，1952年8月分为东郊区和西郊区，1955年1月又合并为城郊区；1960年3月改为蜀山区，6月改为北市区；1963年5月改为郊区。
    2002年，郊区更名为包河区。包河区辖原郊区的大圩1个乡，义兴、义城、骆岗、常青4个镇。从原西市区划入巢湖路、芜湖路、宁国路3个街道。原西市区稻香村、南七里站街道金寨路以东区域与原郊区常青镇金寨路以东区域合并，由常青镇政府管辖，镇政府驻地不变。原郊区城东乡分路口、周谷堆、五里庙3个村划归包河区骆岗镇管辖。调整后，包河区辖大圩1个乡，义兴、义城、骆岗、常青4个镇，巢湖路、芜湖路、宁国路3个街道。面积230.70平方千米，人口33.44万人，其中非农业人口22.05万人。现区人民政府驻地包河大道118号。
    2004年底，包河区辖5个街道、2个镇、1个乡：常青街道、宁国路街道、芜湖路街道、巢湖路街道、骆岗街道、义兴镇、义城镇、大圩乡。
    2006年，安徽省民政厅《关于同意将肥西县烟墩乡整建制划归合肥市包河区管辖的批复》（民地字[2006]71号）：同意将肥西县烟墩乡划归合肥市包河区管辖。
    2007年4月，经省民政厅、合肥市人民政府批准，包河区进行行政区划调整，现辖5个街道、4个镇、1个区：常青街道、芜湖路街道、包公街道、骆岗街道、望湖街道、淝河镇、大圩镇、义城镇、烟墩镇、包河工业区。